Сложно не согласиться с тем фактом, что сегодня именно гидроэнергетика стала крупнейшей отраслью пользования водными ресурсами Земли. Каковы бы не были перспективы и результаты не менее сложно отрицать и тот факт, что у равнинных ГЭС есть весомый недостаток — это затопление территорий в гигантских масштабах. Так во времена Советского Союза было построено немало водохранилищ, для организации которых пришлось затопить примерно 2 миллиона гектар когда-то служивших для сельскохозяйственных нужд. Кстати, такая территория эквивалента 6 процентам от всей площади сельскохозяйственных земель сегодня. Чтобы сократить очевидный ущерб от затопления столь важных земель, было придумано возведение специальных дамб защиты. Кроме того, в постоянном режиме требуется регулирование водного уровня в искусственном водохранилище, во избежание ситуаций сильного выхода воды из берегов в период паводка, заливания территорий, кроме того, чтобы обеспечить ложе для строящегося водохранилища его полностью очищают от всех зеленых насаждений, также требуется обеспечивать необходимые условия для формирования в этих искусственных водоемах рыбных резервов. Сегодня отмечается тенденция к строительству ГЭС в местности с горным ландшафтом, потому как территории затопления в таком варианте размещения значительно меньшие.

Стоит также отметить, что любая гидроэлектростанция на территории нашей страны, и в особенности Волгоградская ГЭС, влекут за собой большой ущерб рыбному хозяйству. Строительство подвергло ситуацию на воде значительному перераспределению. Так, если ранее процессы, происходящие в воде, в частности в реке Волга, имели поэтапный эволюционный процесс, такие как половодье, массовое движение рыбы в период нереста, уход молоди в морские воды, то теперь при возведении ГЭС эта последовательность значительно искажена. Половодье может случиться и посреди зимы, весной же корка льда на водах водохранилища уходит на острова, которые затапливаются целиком, где губит рыбу, пережидающую холода в зимовальных ямах, отчего сроки созревания рыбной икры сильно искажаются. Из-за таких половодий по весне страна лишается такого количества рыбы, которое добывается в дельте реки Волга в течение целого года. Кроме того, нельзя исключать и загрязняющий фактор сточными водами, в частности сильно «страдает» от таковых рыба, обитающая в Оке.