17 августа 2009 года в машинном отсеке Саяно-Шушенской ГЭС возникла аварийная ситуация. В рабочем состоянии в тот момент было девять гидроагрегатов, № 6 являлся резервным. Общая мощность активных агрегатов была 4,4 тысячи MBт. Основному повреждению подвергся второй гидроагрегат, в результате произошел мощный выброс воды из турбинной части.

Итогом аварии стало частичное разрушение конструкций, в районе располагающемся от 1-го до 5-го агрегатов, машинный отсек был также перекрыт для обслуживания. Кроме того, частично повредились несущие конструкции сооружения в критичной отметке.Пострадали, кроме того, размещенные на конструкции рабочие системы защиты, регулирования и контроля над управлением агрегатами. Механическому разрушительному воздействию подверглись в разной степени пять уровней трансформаторов и их рабочая площадка на территории зон 1 и 2 отсеков.

Все активные и резервные агрегаты ГЭС тоже пострадали и имели разного рода повреждения из-за поступления большого объема воды, пострадала и электрическая сеть в отсеках. Персонал ГЭС незамедлительно предпринял меры по ликвидации последствий. На помощь были призваны и подрядные фирмы, вместе они в 9 утра перекрыли затворы аварийного действия на гидроагрегатах и вода перестала поступать в машинный отсек. В 11 часов рабочие открыли створки плотины для водослива, тем самым привели к балансу расход воды по средствам гидроузла. До этого момента к санитарному попуску судов по реке Енисей была подключена Майнская ГЭС. Для устранения всех последствий случившейся аварии на ГЭС были привлечены спасатели МЧС, подключено Министерство энергетики РФ. В общей сложности для аварийно-спасательных работ было задействовано около 2,7 тысяч человек.

Начиная с 23 августа 2009 года, на ГЭС были направлены для устранения последствий аварии ремонтные бригады, а также монтажники и прочие рабочие, связанные с энергетическими специальностями из многих субъектов страны. Чтобы координировать ремонтные работы всех вовлеченных в процесс организаций на момент самих аварийно-спасательных работ, и для последующего урегулирования возникающих вопросов по восстановлению рабочего состояния станции, при Министерстве энергетики РФ был собран оперативный штаб, возглавлял который зам. министра энергетики РФ.